Um dos pontos fortes do Coelho Sabido e a Estrela Cintilante é a história, contada em ritmo e cenas de desenho animado: um navio pirata bateu no Monte Brilhante, de onde surgem todas as estrelas e, por isso, o céu ficou sem brilho.

Cabe, então, ao Coelho Sabido e ao Leão Léo, irem até a Cidade Cintilante, onde fica o Monte Brilhante, e tentar devolver as estrelas ao céu. Para conseguir cumprir essa missão, a criança precisa ajudar os dois personagens a coletar cinco pedras amarelas, colocá-las no Monte Brilhante e fazer com que ele volte a funcionar, enviando as estrelas para o céu. O Coelho Sabido ganha uma pedra quando uma das atividades propostas é cumprida. Os cenários das atividades são: Gruta dos Vaga-lumes, Pintando com as Cascatas de Arco-Íris, Aritmética com os Brilhonautas, O Rio das Palavras e A Mina de Cristais.

Em Gruta dos Vaga-lumes a criança deverá unir todos os filhotes de insetos com as respectivas mães. Eles foram separados e misturados pela colisão do navio pirata. Nesse jogo é exercitada a comparação de qualidades e classificação por atributos múltiplos, como formas e cores.

Já em Pintando com as Cascatas de Arco-Íris, a criança deve auxiliar a pintora Francis a pintar as flores seguindo as orientações dadas por ela. A criança deve clicar sobre a cor que foi dita por Francis, na forma (quadrado, triângulo, círculo…) e tamanho corretos. Com isso, a criança vai formando um Arco-Íris e, ao completar a tarefa, coleta outra pedra. Já a atividade o Rio das Palavras ajuda a criança a reconhecer letras e sons (é preciso identificar o nome de vários objetos que descem pelo rio em uma jangada), enquanto Aritmética com os Brilhonautas estimula o pequeno usuário a aprender a contar e a reconhecer números (é preciso colocar o número exato de Brilhonautas dentro do foguete para que ele decole).

Mina de Cristais, por sua vez, aguça a percepção por detalhes, já que, para coletar outra pedra, a criança deve observar a pedra que é exibida em um vagão e mirar em uma outra pedra que está na parede mas que tem o mesmo desenho. Após cumprir as cinco tarefas, a criança vai até o Monte Brilhante para cumprir a última atividade:
A Dança do Terremoto. Aqui, a proposta é dar liberdade para a criança soltar a criatividade e criar uma seqüência de sons e passos para que o Coelho Sabido e o Leão Léo mostrem que também são bons de dança.