Há quatro classes de heróis disponíveis. E existe uma versão masculina e outra feminina para as seguintes: assassino, bárbaro, feiticeiro e templário. Cada uma possui uma especialidade e artifícios exclusivos, sendo que muitos itens só podem ser utilizados por classes específicas. Com o progredir da aventura o herói adquire experiência e ouro, ganhando níveis e adquirindo acessórios mais apropriados.

Diferente do antecessor, em Puzzle Quest 2 o personagem caminha pelos cenários, em vez de apenas selecionar destinos pelo mapa. Dessa forma, o título reforça a característica de ser uma aventura de RPG.