A história é a mesma de UMK3, só que com algumas modificações: Dessa vez Raiden não só protegeu a alma de alguns guerreiros como também lutou entre eles, desistindo de sua imortalidade. Sub-Zero ainda está sendo perseguido pelos três cyber ninjas, e Kitana ainda está sendo perseguida por Motaro e Reptile, além de Mileena que era capaz de ler os pensamentos de Kitana.E também surge Khameleon, que procura por Reptile por alguma razão.Todos os personagens que tiveram participação nos jogos anteriores apareceram em Mortal Kombat Trilogy. Rain e Noob Saibot são selecionáveis pela primeira vez com todos os seus golpes, combos e finalizações. Mortal Kombat Trilogy trouxe de volta personagens como Baraka, Johnny Cage, Raiden, e as versões clássicas dos personagens Jax, Kung Lao, Kano, and Raiden (mas sem histórias ou finais). Os chefes Motaro, Shao Kahn, Goro e Kintaro aparecem como personagens selecionáveis (mas também sem histórias ou finais). Um novo personagem secreto é inserido.

Esse personagem conhecido como Chameleon, é a união de todos os ninjas do jogo (Classic Sub-Zero, Scorpion, Noob Saibot, Human Smoke, Rain, Reptile e Ermac). Ele é parecido com qualquer ninja masculino, mas Chameleon muda sua cor aleatoriamente, usando os golpes especiais do ninja de mesma cor que ele estiver. Ele se torna selecionável via seqüencia de botões. Chameleon não tem história ou final.